しかし既にエンジンの生産が終了してから長期間が経過しており、レースでの使用に耐えうるエンジンの確保が徐々に困難になってきていること(既にクランク等について新品の部品の在庫が尽きており、オーバーホールすら困難になりつつある
[『Racing On』(ニューズ出版)2008年3月号 p.109])、またフォーミュラカーはもちろんのこと
ツーリングカー等でも空力の重要性が高まってきており「ドライバー育成のためには早くからウィング付きの車を経験させた方が良いのではないか」といった意見が増えてきたことから、
日本自動車連盟(JAF)は
2007年よりFJ1600の後継カテゴリーとして「
スーパーFJ」を発足させることを決定した。2009年まではFJ1600とスーパーFJが並行して「
JAF地方選手権」として開催されるが、2010年にはFJ1600の「
JAF地方選手権」は廃止されスーパーFJへの移行が進められる予定である。