成田空港第2ターミナルの地下に
相対式ホーム2面2線を持つ。JR東日本と京成電鉄がそれぞれ1面1線ずつ使用し、両社とも上り列車と下り列車が同一ホームに発着する。これは元々当駅を含めた周辺区間が
成田新幹線の用地として建設されたものの同線の建設が白紙になったため、
複線で建設された同線用の施設を両社で半分ずつ使用しているためである。なお、京成のホームは
成田方で
単線から複線に変わり、また
安全側線も設置されている。
成田空港問題のため、改札出口の先に「セキュリティエリア」と呼ばれる空港の
検問所があり、ここで
パスポートなどの
身分証明書の提示を求められるとともに手荷物検査が行われる。JR線からは京成の構内を通ってセキュリティエリアに行くことになるため、JR線の
乗車券はJRの改札出口では回収されず、京成の改札出口で渡さなければならない。そのため、のちに設置されたJR線の自動改札機は
乗車券を投入しても回収せず、取出口に出るようになっている。また、
Suica・
ICOCA・
TOICA・
PASMO・
KitacaでJR線を乗車した場合は京成側の自動改札機にもタッチする(
松戸駅・
新宿駅等における私鉄構内からJR構内への通過サービスと同様の取り扱い)。
当駅と
京成東成田線・
芝山鉄道線の
東成田駅の間は長さ約500mの地下連絡通路で結ばれており、連絡通路を経由して同駅へ行く場合にはセキュリティエリアを通過しなくてもよい。逆に、
定期券以外で同駅から連絡通路を経由して当駅から乗車する場合にもセキュリティエリアを通ることなくホームに入場できるようになっている。なお、空港から東成田駅へ徒歩で向かうには当駅セキュリティエリアの警察官に「東成田駅に行きたい」ということを伝えれば行くことができる。この場合、身分証明書は不要である。
概要としては、京成線のホーム外側の壁を壊して新たな躯体を建設し、そこに1線通すことで1面2線の島式ホーム (266m) に改良し、運行を上下で分けることができるようになる予定である。ただし、この地上部分は第2旅客ターミナルビル到着階の第3レーンにあたり既設の
共同溝があるため、まずこれを移設する必要があり、移設が完了次第古い共同溝を撤去して新しい躯体の建設に取り掛かる予定になっている。