大気中に
窒素が存在することから、燃焼時に
窒素酸化物 (NOx) が発生することは避けられないものの、通常の
ガソリンエンジンに比べると発生量は少ない。また、従来の燃料では発生しない
過酸化水素類が発生する為、これの対処が必要となる(よって、水しか出ないクリーンなエンジンというのは誇張であり、ガソリンエンジン並の触媒による排気ガス処理が必要となる)。大気圧下の水素は体積当たりのエネルギー発生量で比較すると
ガソリンに劣る。そのため、燃料となる水素を圧縮する・
水素吸蔵合金に蓄える、などの手法を採る必要があるが、いずれも耐久性・安全性が十分でない。水素供給を担う水素スタンドはもとより、水素自体の生産・輸送・備蓄の基盤も未整備である。