また、当駅を起点として日暮里・舎人ライナーが開通し、北口の駅前広場上空に既存駅に対して直角に駅舎が設置されるとともに先の
コンコースを介して3社局の駅が連結された。これと並行してJR・京成とも駅改良工事を施工した。駅の構造を変えてしまうほどの大規模なもので、工事進捗によって駅出入口、通路、
階段、改札口などの変更が頻繁に行われ、駅構内では係員が常駐し、肉声や拡声器を使って利用客の案内・誘導を行っていた。
京成本線における都心のターミナル駅となっていて、「
スカイライナー」を含むすべての列車が停車する。京成本線のターミナルは隣の京成上野駅だが、同駅の位置がJR・
東京地下鉄(東京メトロ)上野駅より南西に離れていて、山手線・京浜東北線への乗り換えで当駅を利用する旅客は上野駅より多い。そのため、京成電鉄は当駅を京成上野駅と並ぶターミナル駅と位置付けている。この関係は、
西武新宿線における
高田馬場駅と
新宿駅・
西武新宿駅との関係に類似する。