高速道路会社による整備の補完措置として国と都道府県が建設・管理費用を分担して行なう方式である。基本的に、料金収入により整備・管理費が補えない採算性に乏しい
路線・区間など、高速道路会社による整備・管理が難しい路線・区間が多いが、
北海道横断自動車道釧路線のように
需要が見込め国の方針でも従来通りの建設整備であった路線が、整備を促すという目的で住民運動によって新直轄を選択した路線もあるため、一概に需要が低いとはいいきれない。
新直轄方式は道路公団民営化に関連して初めてとられた手法であるため、第1回国幹会議での対象区間では、すでに旧来の方法で策定済みの計画を、事業主体など基本計画にたちかえって切り替えるという形をとった。2004年1月30日付で、以下の27区間につき整備計画が変更(ならびに、うち20区間については公団への施行命令が撤回)し、2006年2月7日付でさらに7区間の整備計画が変更された。